Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires

Un nouveau décret relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires a été publié au Journal officiel le 31 juillet 2026.
Ce texte concerne également les ouvriers d’Etat.

Ce texte fait évoluer plusieurs règles applicables aux agents publics en matière d’arrêts de travail pour raisons de santé et de temps partiel thérapeutique (TPT).

Il vient modifier le décret n° 2025-694 du 23 juillet 2025 portant diverses dispositions applicables aux personnels ouvriers de l’Etat en matière de congés.

Nouveau recul pour les droits des agents publics ! Après l’introduction d’un jour de carence et l’indemnisation du congé maladie à 90%, le gouvernement vient de publier le décret qui détricote une fois de plus nos droits et s’attaque au temps partiel thérapeutique et au contrôle des congés maladie.

Le gouvernement a choisi de s’attaquer cette fois au Temps Partiel Thérapeutique en rendant plus incertain et soumis à l’arbitraire de l’employeur son accès ; notamment pour les agent.es qui le sollicitent pour permettre leur maintien dans l’emploi et éviter de se retrouver en arrêt maladie ou congé longue maladie.

Mais le gouvernement est allé encore plus loin dans ce texte en renforçant le formalisme et en établissant un hyper contrôle des congés maladie par tout moyen. Le but recherché ne peut être que de stigmatiser les agent.es dont l’état de santé est fragile. Cela, en les rendant responsables de la détérioration, y compris temporaire, de leur état de santé et en renforçant drastiquement le contrôle des congés, sous entendant que les agent.es bénéficient d’arrêts de complaisance ou mettent tout en œuvre pour organiser leur absence en maladie. Parfaitement inentendable et inacceptable.

Dans le détail, vous trouverez en PJ un décryptage des nouvelles mesures qui tendront à s’appliquer, le 1er août pour ce qui concerne le Temps Partiel Thérapeutique et le 1er septembre, pour les congés maladie.

Consulter le document joint :
Décryptage du décret

Résumé des évolutions :

1) Temps partiel thérapeutique : ce qui change à compter du 1er août 2026 :

Le temps partiel thérapeutique permet à un agent, sur prescription médicale et après autorisation de son employeur, de reprendre ou de poursuivre son activité à temps partiel en raison de son état de santé. Il n’est donc pas nécessairement précédé d’un arrêt de travail.

À compter du 1er août 2026, la procédure de demande et de renouvellement du TPT évolue :

– l’employeur dispose d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande pour statuer ;
– en cas de reprise après un congé maladie long, la mise en place du TPT intervient sans délai ;
– lorsque l’employeur envisage un refus pour des raisons médicales, il doit solliciter l’avis d’un médecin agréé ;
– un refus peut également être motivé par les nécessités de fonctionnement du service, mais il doit être précédé d’un entretien avec l’agent et être motivé ;
– le TPT peut désormais être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à un an, sans périodicité obligatoire ;
– l’employeur peut demander un contrôle médical à tout moment, lors de l’octroi, du renouvellement ou pendant le TPT ;
– en cas de refus de se soumettre au contrôle médical ou d’absence injustifiée à celui-ci, le TPT pourra être refusé ou interrompu ;
– en cas de contestation par l’agent des conclusions du médecin agréé, les droits à TPT sont maintenus jusqu’à l’avis du conseil médical.

Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail, les règles de rémunération et de rechargement ainsi que la durée maximale totale d’un an restent inchangées.

2) arrêts de travail pour raisons de santé : nouvelles règles à compter du 1er septembre 2026 :

À compter du 1er septembre 2026, les modalités de gestion des arrêts de travail dans la fonction publique évoluent également.

Un arrêt de travail devra être établi au moyen du nouveau formulaire Cerfa sécurisé délivré par le prescripteur.

La durée des prescriptions sera désormais, en principe, plafonnée à :

– 1 mois pour un premier arrêt ;
– 2 mois pour une prolongation.

Des dérogations resteront possibles lorsque la situation médicale de l’agent le justifie.

Par ailleurs :

– le maintien de la rémunération sera poursuivi lorsque la prolongation est prescrite par le prescripteur initial, sauf impossibilité ou indisponibilité de celui-ci ;
– les employeurs pourront effectuer des contrôles de présence au domicile lorsque l’arrêt est assorti d’une obligation de présence ;
– la rémunération pourra être suspendue en cas de refus de contrôle ou d’absence injustifiée ;
– les modalités de contrôle médical des congés de longue durée seront, dans certains cas, allégées.

3) De nouvelles dispositions favorables aux agents :

Le décret prévoit également plusieurs mesures visant à améliorer la situation des agents en congé pour raisons de santé :

– en première année de congé de longue maladie ou de congé de grave maladie, les agents de l’État affectés outre-mer continueront à bénéficier de la majoration ou de l’indexation liée à leur affectation dans les mêmes proportions que leur traitement ;
– les agents arrivant en fin de droits à congé de maladie ordinaire et dans l’attente de l’attribution d’un congé de longue maladie ou de longue durée pourront bénéficier d’une indemnité d’attente, afin d’éviter une rupture de prise en charge ;
– les agents des trois versants de la fonction publique pourront commencer ou poursuivre une formation pendant un congé pour raisons de santé, sous réserve de l’avis favorable d’un médecin agréé.

Le décret est consultable sous :
Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires - Légifrance